Archiv pro rubriku: Publikace

How to: Surveillance of Clostridium difficile infections

Clinical Microbiology and Infection

Narůs­ta­jí­cí výskyt infek­cí vyvo­la­ných Clostri­di­um dif­fi­ci­le (CDI) ve zdra­vot­nic­kých zaří­ze­ních v Evro­pě má vliv jak na paci­en­ty, tak na sys­témy zdra­vot­ní péče. Zave­de­ní účin­né­ho sle­do­vá­ní CDI je klí­čem k moni­to­ro­vá­ní výsky­tu a šíře­ní C. dif­fi­ci­le ve zdra­vot­nic­tví.
Cílem toho­to člán­ku je poskyt­nout sou­hrn klí­čo­vých slo­žek účin­né­ho sle­do­vá­ní CDI a někte­rá prak­tic­ká dopo­ru­če­ní. V roce 2017 jsme také pro­ved­li nový prů­zkum stá­va­jí­cích sys­té­mů sle­do­vá­ní CDI ve 33 evrop­ských zemích, abychom ilu­stro­va­li sil­né a sla­bé strán­ky dohle­du nad CDI v Evro­pě.

https://www.goo.gl/AowpuX

Increasing incidence of Clostridium difficile ribotype 001 associated with severe course of the infection and previous fluoroquinolone use in the Czech Republic, 2015

European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases

V člán­ku je uve­de­na epi­de­mi­o­lo­gic­ká ana­lý­za 490 izo­lá­tů C. dif­fi­ci­le a kli­nic­kých dat zís­ka­ných v roce 2015 z 28 čes­kých nemoc­nic. Domi­nant­ní­mi ribo­ty­py ve stu­dii byly: 001 (n = 164, 33.5%) a176 (n = 125, 25.5%). Infek­ce vyvo­la­né těmi­to ribo­ty­py byly sig­ni­fi­kant­ně aso­ci­o­va­né s před­cho­zí léč­bou flu­o­ro­chi­no­lo­ny. Toto zjiš­tě­ní zdů­raz­ňu­je potře­bu sní­že­ní preskrip­ce flu­o­ro­chi­no­lo­nů v čes­kých nemoc­ni­cích.

https://www.goo.gl/h4Xo8A

Analysis of proteomes released from in vitro cultured eight Clostridium difficile PCR ribotypes revealed specific expression in PCR ribotypes 027 and 176 confirming their genetic relatedness and clinical importance at the proteomic level

Gut Pathogens

Šíře­ní epi­de­mic­kých ribo­ty­pů C. dif­fi­ci­le před­sta­vu­je význam­nou eko­no­mic­kou zátěž pro zdra­vot­ní péči. Porov­ná­va­cí pro­te­o­mic­ká stu­die osmi růz­ných ribo­ty­pů uká­za­la zvý­še­nou nebo jedi­neč­nou expre­si pro­tei­nů spo­je­ných s pato­ge­ni­tou nebo meta­bo­lis­mem žele­za u ribo­ty­pů 027 a 176 což pod­po­ru­je jejich gene­tic­kou pří­buz­nost a kli­nic­ký význam na pro­te­o­mic­ké úrov­ni.

https://www.goo.gl/yfeR3X

The recognition and characterisation of Finnish Clostridium difficile isolates resembling PCR-ribotype 027

Journal of Microbiology, Immunology and Infection

Ve spo­lu­prá­ci s Nati­o­nal Insti­tu­te for Heal­th and Wel­fa­re, Fin­land, Hel­sin­ki jsme pro­ved­li detail­ní ana­lý­zu 28 fin­ských izo­lá­tů C. dif­fi­ci­le, kte­ré byly vybrá­ny z fin­ské národ­ní sbír­ky pro svo­ji gene­tic­kou podob­nost s epi­de­mic­kým ribo­ty­pem 027 (pří­tom­nost genů pro binár­ní toxin a 18bp dele­ce v regu­lač­ním genu tcdC). Mezi 28 izo­lá­ty jsme iden­ti­fi­ko­va­li 12 růz­ných ribo­ty­pi­zač­ních pro­fi­lů a 11 sek­ve­nač­ních typů. Ana­lý­za vari­a­bil­ních oblas­tí geno­mu potvr­di­la regi­o­nál­ní klo­nál­ní šíře­ní u izo­lá­tů třech ribo­ty­pů a také u izo­lá­tů ribo­ty­pu 027, kte­ré byly zařa­ze­ny jako kon­t­rol­ní kme­ny. Navíc 22 izo­lá­tů osmi růz­ných ribo­ty­pů nes­lo dele­ci v pozi­ci 117 genu tcdC, kte­rá je cílo­vým mís­tem někte­rých komerč­ních sys­té­mů pro odli­še­ní ribo­ty­pu 027 od ostat­ních ribo­ty­pů.

https://www.goo.gl/VUZng8

Molecular typing of Clostridium difficile isolates cultured from patient stool samples and gastroenterological medical devices in a single Iranian hospital.

Anaerobe

Ve spo­lu­prá­ci s Research Insti­tu­te for Gastro­en­te­ro­lo­gy and Liver Dise­a­ses, Sha­hid Behesh­ti a Uni­ver­si­ty of Medi­cal Sciences, Tehran, Iran jsme oty­po­va­li 23 vzor­ků DNA extra­ho­va­né z izo­lá­tů C. dif­fi­ci­le kul­ti­vo­va­ných ze sto­lic hospi­ta­li­zo­va­ných paci­en­tů s CDI a také ze stě­rů z nemoc­nič­ní­ho pro­stře­dí včet­ně zdra­vot­nic­kých pomů­cek a pří­stro­jů.
C. dif­fi­ci­le ribo­typ 126 byl nej­čas­těj­ším ribo­ty­pem iden­ti­fi­ko­va­ným ve stu­dii (21,7 %). Dal­ší nale­ze­né ribo­ty­py byly: 001, 003, 014, 017, 029, 039, 081, 103 a 150. C. dif­fi­ci­le ribo­ty­py 001, 126 a 150 byly iden­ti­fi­ko­vá­ny u izo­lá­tů C. dif­fi­ci­le kul­ti­vo­va­ných jak ze vzor­ků sto­lic paci­en­tů, tak i ze stě­rů z pro­stře­dí (paci­ent­ské lůž­ko) a zdra­vot­nic­kých pomů­cek (kolo­no­skop, endo­skop), což nazna­ču­je mož­nou ces­tu pře­no­su.

https://www.goo.gl/rekRqN

Clostridium difficile ribotype 176–A predictor for high mortality and risk of nosocomial spread?

Anaerobe

V člán­ku jsou uve­de­ny výsled­ky roč­ní stu­die (2013) výsky­tu C. dif­fi­ci­le na Infekč­ní oddě­le­ní nemoc­ni­ce Na Bulov­ce. Domi­nant­ním ribo­ty­pem ve stu­dii byl ribo­typ 176 (57.7%). MLVA odha­li­la 11 klo­nál­ních kom­plexů. U paci­en­tů s infek­cí vyvo­la­nou ribo­ty­pem 176 bylo zjiš­tě­no více pří­pa­dů těž­ké­ho prů­bě­hu infek­ce, reku­ren­cí a mor­ta­li­ty v porov­ná­ní s paci­en­ty s infek­cí vyvo­la­nou jiný­mi ribo­ty­py C. dif­fi­ci­le.

https://www.goo.gl/whJ8jx

Molecular characterisation of Czech Clostridium difficile isolates collected in 2013–2015.

International Journal of Medical Microbiology

V člán­ku jsou popsá­ny výsled­ky typi­za­ce 2201 čes­kých izo­lá­tů C. dif­fi­ci­le pomo­cí PCR-ribo­ty­pi­za­ce a mul­tiple­xo­vé PCR reak­ce na prů­kaz genů pro pro­duk­ci toxi­nů (A, B, binár­ní). Vybra­né izo­lá­ty růz­ných ribo­ty­pi­zač­ních pro­fi­lů byly násled­ně typo­vá­ny pomo­cí mul­ti­lo­ku­so­vé sek­ve­nač­ní ana­lý­zy.

https://www.goo.gl/TRa4NU